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盖亚奥特曼的故事发生在另一个世界，这个时空既不同于昭和奥特曼的世界，也不同于迪迦奥特曼和戴拿奥特曼的时空。具有两个在如何保卫地球不受根源性灭亡体破坏上思想相冲突的奥特曼。故事的前一半展示了他们之间越来越紧张的关系以及两人最后的决战，而后一半则调解了两人的分歧，因此他们才能打败共同敌人。剧中的战队也不同于以前的战队，而比以前也有许多次出场，并且两人在故事开始经常争执。他们的思想就像他们的皮肤一样不同。不像盖亚奥特曼（或是到那时除了戴拿奥特曼奇迹型和奥特之王所有奥特曼），阿古茹奥特曼完全是蓝色的（后来全蓝色的奥特曼基本只有希卡利奥特曼、高斯奥特曼月神型和赛罗奥特曼月神奇迹型了）。盖亚奥特曼很坚定地去保护地球和人类，可同样出生在地球的阿古茹奥特曼，在一开始只有兴趣保护这个星球，甚至不惜牺牲人类
故事发生的时间设定在2000年。在故事中有多种类型的怪兽，除了来自宇宙的侵略者外，还有不少地球的怪兽以及一些未知的受天气控制的机器人——天界、炎山、绿林。剧中最引人入胜的地方就是打破常规的两个奥特曼的想法。藤宫博也在1997年，通过由自己主导开发的光量子电脑克里西斯预测得知：“地球和人类将会被根源破灭招来体彻底毁灭，而拯救地球的唯一办法就是消灭掉人类。”但是，crisis早就被德国人克劳斯做过手脚，所以藤宫是被误导了。（但是恶人有恶报，到了第42话，我梦终于发现了这个炼金之星的叛徒，并且干掉了以克劳斯为主力的精神寄生体）[2]也正是因为这样，在前半部分，我梦和藤宫的对立成为了全剧的亮点，并且两人的矛盾越来越大，最终引发了盖亚奥特曼和阿古茹奥特曼的最后一战。[3][4]
当初，全世界的天才自发性组织起来，成立了炼金之星，并且将破灭招来体的情况报告给了各国政府。而各国政府也联合起来，组织成立了全球防御组织g.u.a.r.d，而设置在一线作战的就是xig了。其总部建立在一个浮在天空中的基地，被称为空中基地。炼金之星利用自己的技术尽可能协助g.u.a.r.d尤其是xig建立能够抵御外来攻击的力量。我梦是炼金之星一个20岁的成员，他发明了许多用在xig的技术（包括空中基地的反重力系统和xig战斗机的反重力系统）。他所做的一些以发现地球意愿为目的秘密的虚拟现实实验里，在光之管道无意中遇见了神秘发光的红色巨人——盖亚奥特曼。当破灭招来体戈布开始对地球第一波攻击，精英小队闪电队经验不足不能熟练操作fighter起不到作用时，时间停滞，而他坠入光之隧道并且又一次遇到盖亚奥特曼。因为我梦十分关心地球和人类的命运，所以盖亚奥特曼的光变成了他的一部分，使他能够在需要时变成奥特曼。[5]第一个怪兽被盖亚打败后，我梦以科学分析人的身份加入了xig。[6]在第三话中制造了蓝宝锥，用来正式储存盖亚之光。[7]
在xig中有许多不同角色的三人小队（三个空军小队精英小队闪电队、老兵小队猎鹰队以及女性小队酷龙队，一个地面部队海格力斯队，一个海洋部队箭鱼队，一个救援部队海鸥队。此外，还有指挥官石室章雄，参谋长千叶辰巳，主任堤诚一郎以及三个女通讯员。比起以前的战队，xig拥有更多的女队员。同时该剧中也有许多日语说得很好的外国人，例如通讯员乔姬丽兰以及炼金之星的凯瑟琳。她喜欢武器，经常把自己打扮得像sarahconnor并且与我梦偶然约会。同样的还有海鸥队的迈克尔西蒙斯以及一些其他的炼金之星成员。
故事的另一条主线是kcb电视台的三个人。记者吉井玲子钟情于藤宫博也，并且在救他和他的复原中扮演了很重要的角色，使原本已经丧失了信心的藤宫博在第41集再次变成了阿古茹奥特曼。藤宫博也本着对克里西斯以及可怕的预测负责，在多次计算后，他认识到从破灭招来体中解救地球的唯一方法就是消灭人类。他退出了炼金之星，自己离开去与稻森京子教授寻找地球的意愿，却只发现了阿古茹。阿古茹和盖亚与根源破灭招来体战斗，很偶然他们才会互相帮助。
随着故事进行，藤宫变得越来越激进和鲁莽，并且在他那不顾一切的拯救地球的目标面前，对自己的人类同伴越来越不尊重。因此他身体越来越差。在酒吧被人欺负后，他说人类应该被地球净化。但是玲子对他说：你连自己都照顾不了，还怎么照顾地球？盖亚和阿古茹在25话中进行一场大决战，结果两败俱伤。而由这场战斗释放的可怕能量却打开了一个巨大的虫洞。这个虫洞使巨大的巨型怪兽佐利姆现身入侵地球。这证明佐利姆早已预测到这场战斗。我梦对藤宫解释说是因为克里西斯早就已经被根源性灭亡体污染，因此给予藤宫的是一个错误方法，目的是误导藤宫他们。此时藤宫也意识到他所相信的一切都基于这个错误，于是变得很沮丧。他把自己的阿古茹之光给了我梦让他能够打败佐利姆。然后藤宫便消失了……我梦用他的蓝宝锥接收了蓝色的阿古茹=之光，然后变成了盖亚奥特曼的v2型。这个形态是盖亚奥特曼和阿古茹奥特曼的混合。但实际上这个形态还是与v1型很像，除了胸前的黑色条纹，盖亚奥特曼的v2型还能变成至高型。
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